La Commission européenne (CE) a refusé la candidature de l’Université de Bâle au projet pilote du programme «Universités européennes», dont le lancement est prévu dès 2019 dans le cadre d’Erasmus+. Celui-ci regroupe environ vingt universités visant à créer des réseaux d’établissements par affinités (géographiques, thématiques) pour renforcer la coopération transfrontalière dans la perspective d’une stratégie à long terme et faciliter la mobilité intra-européenne.
Malgré sa participation au European Campus dans un réseau d’universités allemand-français-suisse, les critères d’accès à «Universités européennes» excluent l’Université de Bâle du projet pilote puisqu’ils indiquent qu’«un réseau doit comprendre au moins trois universités issus de pays membre de l’Union européenne (EU) ou faire partie du programme Erasmus+». A cette occasion, le Conseiller national Eric Nussbaumer (PS/BL) réclame au Conseiller fédéral Johann Schneider-Amman de réintégrer le programme Erasmus+ pour 2021, comme cela été demandé dans une motion par le Conseil national qui a été acceptée par le Conseil des États.